법인세법 시행령 일부개정령안

개정이유 · 주요내용기획재정부공고제2025-47호

개정이유 — 기부자의 납세편의 제고를 위해 전자기부금영수증 발급을 의무화하고, 중간예납 세액 계산방식을 합리화하는 등의 내용으로 「법인세법」이 개정된 것에 맞추어, 법률에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하는 한편, 임직원에 대한 할인금액 과세 합리화를 위해 법인의 수익과 손비 범위를 명확화하고, 부동산 간접투자 활성화를 위해 부동산투자회사의 자산 평가손익을 배당가능이익에서 제외하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

1. 가비영리법인의 유ㆍ무형자산 처분수입 에 대한 수익사업 범위 합리화안 제3조

   장기간 고유목적사업에 사용한 유ㆍ무형자산을 처분하는 경우 보유기간 대비 사용기간에 비례하여 해당 자산의 처분수입을 법인세 과세대상 수익사업의 범위에서 제외하도록 함.

2. 나임직원 할인금액에 대한 수익 및 손비의 범위 합리화안 제11조 및 제19조제3호

   법인이 생산ㆍ공급하는 재화ㆍ용역을 임직원에게 할인하는 금액을 각각 수익과 손비의 범위에 포함하고, 임직원이 계열회사로부터 임직원이 할인받은 금액에 상당하는 금액을 계열회사에 지급하는 경우 해당 금액을 손비에 포함함.

3. 다해외자원개발사업 외국자회사의 수입배당금에 익금불산입 적용안 제18조제2항

   안정적 공급망 확보를 위해 해외자원개발사업에 투자ㆍ출자를 통해 발생한 이익의 배당금 등의 수입배당금액은 익금불산입을 적용함.

4. 라주식매수선택권 손금인정 범위 명확화안 제19조제19호의2

   「상법」 제542조의3에 따라 임직원에게 부여하는 주식매수선택권의 행사차액을 손금 범위에 포함하도록 명확화함.

5. 마감가상각 대상 무형자산 범위 보완안 제24조제1항, 제26조 및 제28조제1항제2호

   감가상각 대상 무형자산의 범위에 철도시설관리권 및 그 밖에 이와 유사한 무형자산을 추가함.

6. 바손금산입 대상 일반기부금 단체 확대안 제39조제1항

   기존의 일반기부금 단체인 병원이 설립하는 의료기술협력단을 손금산입 대상 일반기부금 단체에 포함함.

7. 사공동경비 배분 기준 보완안 제48조

   비출자공동사업자등의 직전 사업연도 매출액이 없는 경우 직전 사업연도 매출액을 기준으로 공동경비를 배분하지 못하도록 하고, 공동소유자산의 공동경비에 대한 손비 계산 규정의 위한 위임 근거를 마련함.

8. 아비영리법인의 인건비 제한 규정 합리화안 제56조

   해당 사업연도와 직전 5개 사업연도 동안 수익사업에서 발생한 소득의 합계액 대비 동일기간 고유목적사업준비금으로 손금산입한 합계액의 비율이 50%를 초과하는 경우 고유목적사업 사용금액에서 제외되는 인건비 제한 규정을 적용하도록 함.

9. 자부동산투자회사 배당가능이익 범위 합리화안 제86조의3제1항제2호

   「부동산투자회사법」에 따른 부동산투자회사의 자산 평가손익을 유동화전문회사 등에 대한 소득공제 시 배당가능이익의 범위에서 제외함.

10. 차적격합병 및 적격분할 관련 주식 배정 시 지분비율 산정 방법 규정안 제80조의2제4항 및 제82조의2제7항

    피합병법인 또는 분할법인등의 자기주식에 대해 합병교부주식등 또는 분할신설법인등의 주식을 배정하지 않는 경우 지배주주등의 피합병법인에 대한 지분비율 계산시 자기주식을 제외하고 계산하도록 규정함.

11. 카물적분할 및 현물출자 관련 승계자산 처분 시 자산 양도차익 명세서 제출의무 신설안 제84조제19항 및 제84조의2제18항

    분할신설법인 또는 피출자법인 등이 물적분할 또는 현물출자로 승계받은 자산을 처분한 날이 속하는 사업연도의 과세표준을 신고할 때 자산 양도차익 명세서를 제출하도록 함.

12. 타민간건설임대주택 중 단기민간임대주택에 대한 법인세 추가과세 적용 제외안 제92조의2제2항제1호의15

    민간임대주택의 원활한 공급을 지원하기 위하여 법인이 민간건설임대주택 중 단기민간임대주택을 양도하는 경우 발생하는 양도차익에 대해 법인세 추가과세 적용을 제외함.

13. 파간접투자회사등의 외국납부세액공제 제도 개선안 제94조의2제2항ㆍ제4항ㆍ제5항 및 제8항과 제111조제3항

    간접투자회사 등으로부터 지급받은 소득에 대한 외국 납부세액공제 계산방법을 보완하고, 외국납부세액계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하도록 개선함.

14. 하공시대상기업집단에 대한 법인세 중간예납 계산방법 합리화안 제100조 및 제120조의25

    해당 중간예납기간의 법인세액을 기준으로 중간예납세액 또는 연결중간예납 세액을 계산하여야 하는 법인의 범위에서 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제1호의 요건을 충족하는 중소기업 규모 법인을 제외함. 거. 연결법인 간 결손금 이전에 따른 정산 예외 요건 완화(안 제120의22조) 연결법인 간 결손금을 이전함에 따라 지급해야 하는 정산금을 0으로 할 수 있는 정산 예외 요건을 연결법인 외 주주 전부가 동의하는 경우에서 90% 이상이 동의하는 경우로 완화하고, 동의 기한을 법인세 신고기한 전으로 명확화함. 너. 외국법인의 가상자산소득 평가방법에 이동평균법을 적용(안 대통령령 제32517호 법인세법 시행령 제129조제5항) 외국법인의 가상자산 양도로 발생하는 소득금액 산출시 가상자산 주소별로 이동평균법을 적용하여 계산하도록 함. 더. 외국법인의 국채등 이자ㆍ양도 소득에 대한 과세특례 적용 절차 개선(안 132조의3제1항제3호ㆍ제4호 및 제2항과 제132조의4제1항부터 제4항까지 및 제7항) 사모 국외투자기구도 실질귀속자로 간주하도록 소득세법이 개정됨에 따라 사모 국외투자기구가 비과세 적용을 받기 위해서는 본인 명의로 제출하도록 하고, 소득지급자와 적격외국금융회사등이 납세지 관할 세무서장에게 정기적으로 제출하던 거래ㆍ보유명세서를 보관ㆍ비치하게 하고, 납세지 관할 세무서장이 해당 자료의 제출을 요구하는 경우 제출하도록 함. 러. 전자기부금영수증 발급 의무 기준 신설(안 제155의2조) 전자기부금영수증 발급 의무 적용 기준을 직전 사업연도 기부금영수증 발급 합계액이 3억원 이상인 법인으로 규정함. 머. 신용카드매출전표ㆍ현금영수증 합산발급 적용 대상 확대(안 제159조제2항) 신용카드매출전표 및 현금영수증 합산발급 적용 대상에 「관광진흥법」 제3조제1항제1호에 따른 여행사업자를 포함함. 3. 주요 변경 사항(안 제39조제1항제1호라목 및 부칙 제5조제2항) 「보건의료기술 진흥법」 제28조의2제1항에 따른 의료기술협력단의 안정적 정착을 위해 일반기부금 대상에 의료기술협력단을 추가하고, 제19조제19호의2의 개정규정을 이 영 시행 이후 주식매수선택권을 행사하는 경우부터 적용하는 부칙 제5조제2항을 추가함.

원문 · 첨부

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