조세특례제한법 시행령 일부개정령(안)

개정이유 · 주요내용재정경제부공고제2008-12호

개정이유 — ○2007년12월31일 공포된 조세특례제한법 일부개정법률(법률 제8827호)에서 위임된 사항 등 시행에 필요한 사항을 규정하는 한편, 현행 제도의 운영과정에서 나타난 일부 미비점을 개선 보완하려는 것임.

1. 가

   중소기업 소유·경영의 독립성 기준(자산 5천억원 이상인 법인이 발행주식의 30% 이상을 소유한 기업은 중소기업의 범위에서 제외) 적용시 주식을 직접 소유한 경우 뿐만 아니라 간접 소유한 경우도 포함함.

2. 나

   상시 종업원수 1천명 이상, 자기자본 1천억원 이상, 매출액 1천억원 이상 또는 자산총액 5천억원 이상이 되어 중소기업 범위에서 제외될 경우에는 3년간 중소기업으로 보는 유예기간을 적용하지 아니함.

3. 다

   문화산업을 지식기반산업에 포함하여 문화산업을 영위하는 수도권에 소재하는 중소기업에 대하여도 법인세 및 소득세를 10%(소기업20%) 감면함.

4. 라

   연구개발서비스업을 영위하는 중소기업에 연구개발 지원을 위탁하는 경우에도 연구 및 인력개발비 세액공제를 허용함.

5. 마

   비거주자 또는 외국법인이 기보유하던 원화표시 유가증권을 외화표시 예탁증서로 전환하여 양도하는 경우 발생하는 소득에 대하여 과세되도록 함.

6. 바

   신·재생에너지 산업을 육성하기 위해 신·재생에너지 설비를 생산하는 제조업자가 신·재생에너지 설비를 생산하기 위한 시설을 설치하는 경우 에너지절약시설 투자세액공제를 적용함.

7. 사

   창업자금 및 가업의 사전상속 지원대상을 조세특례제한법상 중소기업으로 하는 등 상속세 및 증여세법상 가업의 범위와 일치시킴.

8. 아

   가업의 사전상속에 따른 수증인은 주식 증여후 증여세 신고기한(3월)내 가업의 경영에 참여하고, 증여일로부터 5년내 당해 가업의 대표이사로 취임할 것을 요건으로 규정하고 이를 위반시 증여세를 추징토록 함.

9. 자

   가업의 사전상속후 당해 주식에 대한 상속세및증여세법상 상장이익에 대한 증여, 합병에 따른 상장이익의 증여, 기타이익의 증여규정이 적용되는 경우 당해 증여이익에 대해서도여 30억원범위내에서 증여세 과세특례를 적용받을 수 있도록 하되, 과세특례를 적용받은 증여이익에 대해서는 상속세 정산시 상속재산에 합산하여 과세함.

10. 차

    가업의 사전상속에 대한 증여세 과세특례가 적용되는 주식을 증여한 후 당해 가업이 상속세및증여세법상 가업상속에 해당하는 경우 가업상속공제 등 상속세및증여세법에 의한 세제지원을 받을 수 있도록 함.

11. 카

    혁신도시 건설에 따라 지방으로 이전하는 공공기관에 대해 부동산업, 건설업을 영위하는 경우에도 법인 공장·본사의 지방이전에 대한 세액감면을 허용함.

12. 타

    기업이 지방대학에 R&D설비를 기부하는 경우 해당 설비를 R&D시설투자 세액공제 적용대상에 포함함.

13. 파

    법인세의 50%가 감면되는 농업회사법인의 농업소득외 소득의 범위에 「농업농촌기본법」 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득과 농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득을 추가함.

14. 하

    자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 농지대토에 대한 양도소득세 감면 대상의 판정기준이 되는 재촌 요건과 관련하여 현행 행정구역 기준에 거리(농지소재지로부터 20㎞) 기준을 추가함. 거. 사업시행자가 공공기관으로서 부득이한 사유가 인정되는 경우에는 주거·상업·공업지역 편입일부터 3년이 지난 경우에도 자경농지 양도소득세 감면을 적용하는 예외가 인정되는 대규모 개발사업지역의 요건 중 면적요건을 배제함. 너. 양도소득세 감면이 확대되는 채권보상분 만기보유 특약은 사업시행자를 예탁자로 개설된 계좌를 통해 증권예탁결제원에 만기까지 예탁하는 방법에 의하고, 사업시행자는 특약체결자에 대한 보상내역 및 특약 위반사실을 익월 말일까지 납세지 관할세무서장에 통보하도록 함. 더. 대토보상분에 대한 과세이연금액은 양도차익에서 장기보유특별공제를 적용한 금액에 총 보상액 중 대토보상 상당액이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 하고, 대토 양도시 장기보유특별공제 적용에 있어 보유기간은 대토의 취득시부터 양도시까지로 보며, 과세이연 적용요건으로서 대토보상 내역의 국세청 통보는 익월 말일까지 납세지 관할세무서장에 통보하는 방법에 의함. 러. 대토보상 받을 권리의 전매금지 위반에 따른 현금보상 전환, 대토의 전매제한 위반 시 과세이 연금액에 상당하는 세액 및 이자상당가산액을, 대토의 소유권이전등기의 등기원인을 대토보상으로 미기재, 대토보상 받을 권리의 전매금지 위반 외 사유에 따른 현금보상 전환, 양도 외의 방법에 의한 대토의 처분·상속 시 과세이연금액에 상당하는 세액을 양도소득세로 납부하도록 함. 머. 사업시행자는 대토보상의 현금보상 전환 내역을 익월 말일까지 납세지관할 세무서장에게 통보하고 대토에 대한 소유권이전등기 완료 시 그 등기부 등본을 제출하도록 함. 버. 양도소득세 과세이연 등 적용되는 행정중심복합도시·혁신도시 내 공장이전 대상 지방은 행정중심복합도시 예정지역 및 혁신도시 개발예정지구 외의 지역으로서 수도권과밀억제권역, 부산광역시(기장군 제외)·대구광역시(달성군 제외)·광주광역시·대전광역시·울산광역시(산업단지 제외)를 제외한 지역으로 함. 서. 3년거치 3년분할 과세특례가 적용되는 공익사업용 수용에 따른 공장이전 대상 지방은 당해 공익사업지역 외의 지역으로서 수도권과밀억제권역, 부산광역시(기장군 제외)·대구광역시(달성군 제외)·광주광역시·대전광역시·울산광역시(산업단지 제외), 행정중심복합도시 예정지역 및 혁신도시 개발예정지구를 제외한 지역으로 함. 어. 수용에 따른 공장이전시 과세특례에 있어 익금불산입 금액은 기존공장 양도가액에서 취득가액 및 이월결손금을 공제한 금액에 기존공장 양도가액 중 지방공장 취득가액이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로, 분할납부를 적용받는 세액은 기존공장의 양도차익에 상당하는 양도소득세액 중 기존공장 양도가액에서 지방공장 취득가액이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 함. 저. 수용에 따른 공장이전시 과세특례에 있어공장이전 방법은 지방공장을 취득 후 사업개시일부터 2년 내에 기존공장을 양도하거나 기존공장 양도일부터 3년 내에 지방공장을 취득하여 사업을 개시하는 방법에 의하며, 위반시 익금산입액은 익금불산입액 전액, 양도소득세로 납부할 세액은 분할납부할 세액 전액으로 함. 처. 「간접투자자산운용업법」에 따른 투자신탁의 해지를 통한 자금이체가 있는 경우는 개인연금저축·연금저축·장기주택마련저축·생계형저축·세금우대종합저축 계약을 해지한 것으로 보지 않도록 함. 커. 주택마련저축 가입당시 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 경우에는 주택마련저축 가입일 이후 최초로 공시된 가격을 기준시가로 함. 터. 장기주택마련저축의 해지추징세액 추징제외사유에 주택취득일로부터 3월 이내에 해지하는 경우를 포함함. 퍼. 세금우대종합저축 계약기간 종료일 이후 발생하는 이자에 대해서는 세금우대특례가 적용되지 않음을 명확히 함. 허. 동업자에게 배분되는 동업기업의 소득금액과 결손금을 현행 「소득세법」 및 「법인세법」에서 규정한 바와 동일하게 구분하도록 하고, 동업기업의 소득의 배분 등에 따라 동업자의 지분가액을 증액조정하고 동업기업의 자산의 분배 등에 따라 동업자의 지분가액을 감액조정하도록 하는 등 동업기업과세특례 적용시 필요한 사항들을 규정하도록 함. 고. 일용근로자의 근로소득 지급조서를 국세정보통신망에 의하여 직접 제출(세무사에 의한 대리제출 포함)시 현재 1건당 100원을 세액공제 하고 있으나 이를 1건당 300원으로 인상하고, 연간 공제한도액을 100만원에서 200만원으로 상향 조정함. 노. 내국법인이 외국자회사로부터 배당을 받은 경우 그 배당에 대응하는 외국자회사의 외국법인세액을 공제함에 있어, 당해 외국자회사의 자회사(외국손회사)가 외국에서 납부한 법인세액에 대하여는 공제가 되지 않았던 것을 공제할 수 있도록 함. 도. 해외자원개발투자에 대한 세액공제를 신설하면서 세액공제 적용에 필요한 출자 외국법인의 요건, 외국자회사에 대한 해외직접투자의 범위 등을 규정함. 로. 시각장애인용 인쇄물 음성변환출력기에 대하여 부가가치세 영세율을 적용함. 모. 부가가치세 매입자납부 특례적용 대상인 금관련 제품의 범위를 금지금으로 정하고, 금거래계좌의 요건을 정하며, 부가가치세 신고기간중 금 매출액이 금 매입액에서 차지하는 비율이 100분의 70이하인 경우에는 일정기간 부가가치세 환급을 보류하도록 하고, 환급액이 500만원 이하 이거나 성실성 요건을 충족하는 경우에는 부가가치세를 환급할 수 있도록 함. 보. 의제매입세액 공제 적용대상 고금의 범위를 순도가 1000분의 585이상인 금제품으로 정하고, 의제매입세액 공제를 적용받을 수 있는 거래 사업자의 범위를 정하며, 고금을 공급한 과세기간에 의제매입세액 공제를 신청하도록 함. 소. 외국인투자촉진법 제18조제1항제2호에 의한 외국인투자지역내 R&D 업종에 대한 조세감면대상 투자금액요건을 미화 5백만불 이상에서 2백만불 이상으로 완화하고, 조세감면대상 관광업종의 범위에 한국전통 호텔업 및 전문휴양업을 추가함. 오. 경제자유구역 내에서 미화 1백만불 이상을 R&D에 투자하고 석사학위 3년이상 연구경력인력 10인 이상을 고용한 경우에는 조세감면을 받을 수 있도록 함. 조. 양도차익 분할익금산입 대상이 되는 대학의 수익용 기본재산의 범위를 「대학설립·운용규정」제7조에 따른 수익용기본재산 중 토지와 건축물로 하고, 수익용기본재산 처분일이 속하는 사업연도의 종료일을 경과하여 다른 수익용기본재산을 취득하는 경우에도 양도일로부터 1년 이내에 다른 수익용기본재산을 취득한 것으로 보아 과세이연 혜택을 부여 0pt 0pt 21.96pt; COLOR: #000000; TEXT-INDENT: -21.96pt; LINE-HEIGHT: 160%; FONT-FAMILY: '굴림'; TEXT-ALIGN: left"> 초. 「의료법」에 따른 의료기관과 「보건의료기술진흥법」에 따른 보건의료기술 연구개발 서비스업을 제주투자진흥지구 입주기업에 대한 세액감면 업종으로 추가함. 코. 교육비·의료비가 소득공제되는 성실사업자의 요건으로 해당 과세기간의 법정신고납부기한 종료일 현재 국세의 체납사실이 없을 것, 해당 과세기간의 법정신고납부기한 종료일 현재 최근 3년간 조세범으로 처벌받은 사실이 없을 것, 세금계산서 또는 계산서 교부의무 위반사실이 없을 것, 해당 과세기간 개시일 현재 3년간의 소득에 대한 세무조사결과 과소신고한 소득금액이 10% 미만일 것 등을 정함. 토. 「전자금융거래법」에 따른 선불전자지급수단 및 전자화폐의 기명화 방안을 「여신전문금융업법」상 선불카드 기명화 방안과 동일하게 규정함. 포. 국가, 지방자치단체 및 지방자치단체조합이 「부가가치세법 시행령」 제38조제3호에 해당하는 업종(부가가치세 과세대상 업종) 외의 업무를 영위하면서 공급하는 재화 또는 용역, 「우정사업운영에 관한 특례법」에 따른 우정사업조직이 제공하는 재화 또는 용역(부가가치세법 시행령 제38조제1호에 따른 용역을 제외) 및 금융·보험용역에 대한 대가와 정당(후원회 및 각급 선거관리위원회를 포함한다)에 신용카드 또는 직불카드로 결제하여 기부하는 정치자금을 신용카드·현금영수증등 사용금액 소득공제 대상에서 배제함. 호. 현금영수증 발급 기준금액(5천원 이상)을 폐지하고, 5천원 미만의 현금영수증 발행건수에 대하여 1건당 20원을 세액공제하여 소득세 산출세액에서 공제하도록 함. 구. 「부가가치세법」에 따라 전문직사업자가 제출한 수입금액명세서상의 현금매출 거래내역을 국세청이 현금영수증시스템에 입력한 경우에는 현금영수증을 교부받은 것으로 보아 소득공제를 허용함.