조세특례제한법 시행령 일부개정령(안)

개정이유 · 주요내용기획재정부공고제2010-13호

개정이유 — 지속적인 일자리 창출과 미래 성장동력 확충을 위해 연구개발 투자에 대한 세제지원을 대폭 확대하고, 임시투자세액공제제도의 일몰을 연장하며, 경차 유류세 환급 등을 통해 서민ㆍ중산층, 중소기업, 농어민 등에 대한 지속적인 세제지원을 추진하고, 그 밖에 일부 비과세ㆍ감면제도를 정비하는 조세특례제한법 개정에 따른 구체적인 적용방안을 마련하려하는 한편, 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

1. 가

   중소기업특별세액감면이 적용되는 수도권소재 지식기반산업 중기업 지원대상 업종에 소프트웨어개발 및 공급업, 방송업, 정보서비스업을 추가함.

2. 나

   세제지원 대상이 되는 신성장동력ㆍ원천기술 R&D기술분야 선정 및 전담부서 신설, 일반R&D비용과 신성장동력ㆍ원천기술 R&D비용간의 구분경리 등을 규정함.

3. 다

   소득세 과세특례(15% 단일세율)가 적용되는 외국인근로자란 대한민국 국적을 가지지 않은 사람임을 명확히 규정함.

4. 라

   근로소득세가 2년간 50%감면되는 외국인기술자의 범위를 대한민국의 국적을 가지한 아니한 기술자로 함.

5. 마

   에너지신기술 중소기업의 범위를 「에너지이용 합리화법」에 따른 고효율에너지 기자재 및 에너지이용효율등급 1등급으로 인증받은 제품 및 「신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」에 따른 신ㆍ재생에너지 설비로 인증받은 제품을 제조하는 기업으로 하고, 감면대상 소득계산방법 등을 규정함.

6. 바

   임투공제 적용시한을 2010년 12월 31일까지 1년 연장하고, 공제율을 7%로 하며, 공제대상 투자지역을 수도권과밀억제권역 외의 지역으로 함.

7. 사

   수도권 과밀억제권역에서 기업을 지방이전하는 경우 소득세ㆍ법인세를 7년간 100%, 3년간 50% 감면하는 낙후지역의 범위를 5대 광역시, 수도권 연접 충청ㆍ강원도 지역 시ㆍ군 및 인구 30만이상 지방 중규모도시를 제외한 지역으로 함.

8. 아

   8년 자경농지 양도세 감면 적용시 피상속인이 경작한 사실이 있는 경우 피상속인의 경작기간뿐만 아니라 피상속인의 배우자의 경작기간도 상속인의 경작기간에 합산함.

9. 자

   도시지역에 편입되거나 환지예정지로 지정된 농지를 양도하고 다른 농지를 대체취득하는 경우, 도시지역 편입일 또는 환지예정일 지정일 이후 발생하는 소득에 대해 양도소득세의 감면을 배제하는 규정이 신설됨에 따라 감면대상 소득의 구체적 계산방법을 규정함.

10. 차

    공익사업으로 인한 수용에 따른 공장이전에 대한 양도소득세 과세특례를 적용할 때 공장입지 기준면적을 초과하는 부분은 특례의 적용이 배제됨을 명확히 함.

11. 카

    물류시설의 지방이전에 대한 양도소득세 과세특례제도가 신설됨에 따라 물류시설의 범위, 이전 지역, 분할과세금액, 사후관리요건 위반시 추징금액 및 감면신청방법 등을 구체적으로 규정함.

12. 타

    주택청약종합저축 소득공제를 받은 사람이 국민주택규모의 주택에 당첨되거나 천재지변ㆍ퇴직ㆍ입원치료 및 요양 등의 사유로 저축가입 후 5년 이내에 해지하는 경우 그동안의 감면세액을 추징하지 않도록 함.

13. 파

    농어가목돈마련저축을 만기 이전에 해지해도 비과세된 이자소득에 대해 과세하지 않는 사유를 농어가목돈마련저축에 관한 법률 시행령으로부터 이관하여 규정함.

14. 하

    생계형저축의 취급가능기관에 과학기술인공제회를 추가함. 거. 녹색펀드, 녹색예금, 녹색채권의 이자ㆍ배당소득 비과세 세부요건을 다음과 같이 규정함.

    – 투자대상 녹색자산 : 정부인증 녹색기업 대출, 정부인증 녹색사업을 위한 SPC 출자, 정부인증 녹색사업의 수익권 등

    – 자금조달내역 및 녹색자산에의 투자 내역을 별도의 회계처리 과목으로 구분 경리하고 1년마다 관할세무서장에게 제출

    – 법정 요건인 녹색자산 투자비중 60% 충족여부는 매 3년마다의 녹색자산 평균보유비율로 판단하되, 최초설정일 또는 판매개시일로부터 6개월 및 펀드 해지일 이전 6개월은 제외하여 계산함 너. 무주택세대주인 저소득 근로자가 소득공제를 적용받은 월세비용에 대해서는 신용카드등 사용금액에 대한 소득공제를 중복해서 적용하지 않도록 함. 더. 「소득세법」상 사업소득에서 제외되는 업종을 영위하는 배우자나 직계존비속으로부터 지급받은 근로소득을 근로장려세제 적용대상에서 제외함. 러. 결손처분세액에 대하여 납부의무 소멸을 신청할 수 있는 납세자의 요건을 폐업전 3년간 평균 수입금액이 2억원 미만인 자로 하고, 해당 납세자는 결손처분세액 관할 세무서장에게 증명서류와 함께 신청서를 제출하도록 하는 한편, 체납세액의 납부의무 소멸순서는 납세자가 신청한 순서대로 하되, 순서를 정하지 아니한 경우에는 소멸시효가 많이 남은 건부터 소멸시키는 것으로 정함. 머. 동업기업 과세특례 적용시 특수관계자인 동업자 간의 경우 출자지분 합계가 출자총액의 50%를 초과하는 경우에만 약정비율 대신 지분비율을 손익배분비율로 적용하던 것을 최대출자자에 해당하는 경우에도 약정비율 대신 지분비율을 손익배분비율로 적용함. 버. 외국 자회사가 본점 소재지국 외 국가의 지점소득에 대해 납부한 세액도 간접외국납부세액공제대상에 포함(공제율 50%)함. 서. 간접외국납부세액공제 적용대상 손회사 지분율 요건을 현행 20%에서 10%(해외자원개발사업영위시 5%)로 완화함. 어. ’11사업연도부터 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례 적용요건을 소유선박(2년 이상으로 용선한 국적선박 포함) 대비 2년 미만으로 용선한 외국선박의 비중이 5배를 초과하지 않을 것에서 소유선박(용선선박은 제외) 대비 모든 용선선박의 비중이 5배를 초과하지 않을 것으로 변경함. 저. 부가가치세 영세율이 적용되는 장애인용 보장구에 시각장애인용 전자독서 확대기를 추가함. 처. 부가가치세가 면제되는 정부업무대행단체에 대한건설협회를 추가하는 한편, 한국국제협력단, 공무원연금관리공단, 국립공원관리공단, 선박안전기술공단, 신문유통원을 삭제하는 등 정부업무 대행단체의 범위를 조정함. 커. 부가가치세 의제매입세액공제가 적용되는 중고자동차의 범위에서 출고 후 1년 미만의 중고자동차를 수출하는 경우를 제외함. 터. 매입자발행세금계산서의 신청기간을 거래일로부터 15일이내에서 세금계산서 교부시기로부터 3개월로 연장하고, 대상거래의 상한(거래건당 500만원) 및 월별 신청건수 제한(2건)을 폐지함. 퍼. 경차 유류세 환급지원에 대한 연간 환급 한도액 산정 기간을 2010년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지로 규정함 허. 외국인이 외국인투자지역에 2천만불 이상 투자시 조세감면을 적용받을 수 있는 업종에 휴양콘도미니엄업과 청소년수련시설을 추가함. 고. 외국인투자기업이 자본재 수입시 관세 등이 면제되는 수입신고기간을 3년에서 5년으로 연장하고, 공장설립 지연 등 부득이한 사유로 5년안에 수입할 수 없는 경우에는 1년의 범위안에서 연장할 수 있도록 함. 노. 공모펀드의 주권양도에 대해 증권거래세가 과세로 전환됨에 따라 그동안 공모펀드로 간주되어 증권거래세가 면제되던 국가, 지방자치단체 또는 기금 투자자로만 이루어진 펀드 및 기금의 여유자금 등을 통합하여 운용하는 펀드(연기금투자풀 운용펀드)의 주권양도에 대해서도 2010년부터 증권거래세가 과세됨을 명확히 함. 도. 개별소비세가 면제되는 2012 여수세계박람회 참가자를 박람회 참가계약을 체결한 자 및 박람회 직접시설의 제작ㆍ건설에 관하여 도급계약을 체결한 자로 규정함. 로. 문화접대비 대상에 문화관광축제, 관광공연장, 기획재정부령으로 정하는 박람회장 입장권 등을 추가함.