조세특례제한법 시행령 일부개정령(안)

개정이유 · 주요내용

개정이유 — 미래 성장동력 확보를 지원하기 위하여 신성장동력?원천기술 분야 연구?인력개발비에 대한 세액공제 대상기술에 백신 및 임상평가 기술을 추가하고, 저탄소 녹색성장을 지원하기 위해 환경보전시설투자 세액공제대상에 온실가스 감축시설을 추가하며, 고용창출투자 세액공제를 적용받을 수 있는 업종에 일반도시가스사업 등을 추가하고, 사업자에 대하여 근로장려세제를 지급하기 위한 적용기준을 마련하는 한편, 조세특례제한법 에서 위임한 사항과 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선?보완하려는 것임.

1. 가

   조세지원 대상 중소기업 대상 업종 범위에 사회복지 서비스업과 일반도시가스사업을 추가함.

2. 나

   중소기업에 대한 특별세액 감면율 20%가 적용되는 대통령령으로 정하는 석유판매업은 한국석유공사와 알뜰주유소 석유제품 공급계약을 맺고 그 계약내용에 따라 석유제품을 공급하며 알뜰주유소상표로 영업하는 주유소로 정함. < 연구 및 인력개발에 대한 조세특례 >

3. 다

   연구ㆍ인력개발비에 대한 당기분 세액공제율 8%가 적용되는 중견기업은 「조세특례제한법」상중소기업이 아닌 기업으로서 중소기업 해당 업종을 영위하고, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한 기업집단에 속하지 아니하며 직전 3개 과세연도의 평균 매출액이 3천억원 미만인 기업으로 정함.

4. 라

   국내 제약기업의 신약연구개발 등을 지원하기 위하여 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상 신성장동력산업 및 원천기술 분야별 대상 기술에 백신 및 임상평가(1상, 2상에 한함) 기술을 추가하고, 국가 등으로부터 지원받은 출연금을 연구ㆍ인력개발비로 지출하는 경우 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 적용대상 비용에서 제외함.

5. 마

   「법인세법 시행령」제20조 제1항 각 호에 따라 손금으로 인정되는 이익처분 성과급을 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에서 제외하고, 연구 및 인력개발을 위탁ㆍ재위탁시 전담부서가 아닌 곳에서 발생한 연구 및 인력개발비는 세액공제 대상비용에서 제외함.

6. 바

   산업구조 고도화 및 고부가가치 의료관광산업지원을 위하여 2년간 소득세의 50%가 감면되는 외국인기술자의 범위에 연구개발서비스업, 의료업(국제의료관광코디네이터에 한함)에 종사하는 자를 추가함. < 국제자본거래에 대한 조세특례 >

7. 사

   비거주자등이 외국의 유가증권시장 상장규정상 주식분산요건 충족을 위해 모집ㆍ매출되는 주식 등을 취득하여 해당 유가증권시장에서 양도하는 경우에도 외국의 유가증권시장에서 취득하여 양도한 것으로 보아 비과세 되도록 함.

8. 아

   비거주자 등의 외화예금 이자소득 비과세제도 적용시 비과세요건을 갖춘 예금을 갱신ㆍ변경하는 경우 갱신ㆍ변경일에 신규로 가입한 것으로 간주하고 중도에 인출ㆍ해지한 경우라도 1년 동안 인출없이 예치한 부분에 대해서는 비과세 되도록 함 < 투자촉진을 위한 조세특례 >

9. 자

   환경보전시설투자에 대한 세액공제 대상에 온실가스 감축시설을 추가함.

10. 차

    고용창출투자 세액공제를 적용받을 수 있는 대상업종에 일반도시가스사업, 자료처리?호스팅 및 관련서비스업, 포털 및 기타 인터넷 정보매개 서비스업, 그외 기타 정보서비스업, 사업시설 유지관리 서비스업, 건물?산업설비 청소 및 방제서비스업, 조경관리 및 유지 서비스업, 시장조사 및 여론조사업, 전시 및 행사 대행업, 인력공급 및 고용알선업, 콜센터 및 텔레마케팅서비스업, 경비 및 경호서비스업, 보안시스템 서비스업, 그외 기타 전문?과학 및 기술서비스업, 사회복지서비스업을 추가함.

11. 카

    고용창출투자 추가세액공제시 우대되는 청년 근로자의 연령 산정시 군 복무기간(최대 6년)을 합산하고, 분할 등으로 상시근로자를 분할신설법인 등에게 승계시킨 분할법인 등의 직전 과세연도 상시근로자 수는 분할신설법인 등에게 승계시킨 상시근로자 수를 차감하여 산정하도록 함. < 고용지원을 위한 조세특례 >

12. 타

    산업수요맞춤형고등학교 등 졸업자를 병역 이행 후 복직시킨 중소기업에 대한 세액공제 제도의 적용대상이 되는 산업수요맞춤형고등학교 등의 졸업자는 산업수요맞춤형고등학교 등의 졸업일부터 2년이 경과하지 아니한 자로 하고, 병역은 「병역법」에 따른 현역병(상근예비역, 경비교도, 전투경찰순경, 의무소방원 포함) 및 공익근무요원과 「군인사법」에 따른 장교ㆍ준사관 및 부사관으로 하며, 세액공제 대상 인건비는 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외한 인건비로 함. < 기업구조조정을 위한 조세특례 >

13. 파

    중소기업 간 통합 및 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세 제도의 사후관리 강화를 위해 추징 사유와 예외 사유를 규정함.

14. 하

    합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례를 적용받을 수 있는 제약업 경영 기업의 범위를 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도에 의료용 물질 및 의약품 제조업을 주된 사업으로 경영하는 내국법인으로 규정함. < 지역 간의 균형발전을 위한 조세특례 > 거. 공공기관이 혁신도시로 이전하는 경우 법인세 과세이연 대상이 되는 종전부동산의 범위를 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제43조에 따른 종전부동산 처리계획에 매각시기 및 방법이 규정된 건축물과 그 부지로 규정함. 너. 8년 이상 재촌?자경한 농지 등의 양도시 양도세를 감면받을 수 있는 대상을 양도일 현재 거주자로 한정함.(다만, 비거주자가 된 날부터 2년 이내 양도하거나 이 영 시행일 현재 비거주자가 2년 이내 양도하는 경우 감면 허용) 더. 8년 이상 재촌?자경한 농지가 주거지역 등에 편입된 후 대규모 개발사업이 시행되고 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 인해 편입 후 3년 이상 지난 경우에도 양도세 감면이 적용되도록 규정함. < 공익사업지원을 위한 조세특례 > 러. 일반 법인과의 과세형평 등을 감안하여 조합법인이 적용받고 있는 당기순이익 과세제도에 과다경비, 업무무관비용, 지급이자, 퇴직급여충당금, 대손금?대손충당금과 관련한 세무조정 사항을 추가함. < 저축지원을 위한 조세특례 > 머. 소득세가 비과세되는 재형저축에 가입하려는 경우 납세지 관할 세무서장으로부터 소득확인증명서를 발급받아 재형저축 취급기관에 제출하도록 하는 등 비과세 재형저축 도입에 필요한 세부사항을 신설함. < 근로장려를 위한 조세특례 > 버. 사업자에 대하여 2015년 이후 근로장려세제를 확대 적용할 수 있도록 적용대상과 업종별 총소득합계액 산정방법 등 적용기준을 마련함. 서. 근로장려세제 재산기준 판정시 전세금에 대한 평가방법을 합리적으로 개선하고, 1세대 내 2명 이상 거주자가 근로장려금을 신청한 경우 우선순위 기준을 마련함. < 동업기업에 대한 조세특례 > 어. 동업기업과세특례를 선택ㆍ적용받을 수 있는 외국단체의 범위를 동업기업과세특례를 적용받는 국내 사업체와 유사한 외국단체(사모투자전문회사 제외)로서 국내사업장을 가지고 사업을 경영하여 설립지국에서 동업기업과세특례와 유사한 제도를 적용받는 외국단체로 정함. 저. 동업기업 과세특례가 적용되는 사모투자전문회사의 수동적 동업자 중 소득구분 특례가 적용되는 연금ㆍ기금 등의 범위를 우리나라와 조세조약이 체결된 국가의 정부, 지자체, 중앙은행 또는 한국투자공사에 준하는 투자기관, 법률에 따라 설립된 연금ㆍ기금등으로서 분배받는 소득이 해당국가에서 비과세 등으로 실질적인 조세부담이 없는 경우로 정함. < 그 밖의 직접국세 특례 > 처. 해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면 대상자를 해외사업장을 소유하거나 실질적으로 지배하고 있는 대한민국 국민(재외동포 포함) 또는 내국법인(외국인투자기업 포함)으로 하고, 국내사업장 개설 후 해외사업장을 양도ㆍ폐쇄하여야 하는 기간을 현행 2년에서 4년으로 연장하며, 관세감면 대상을 국내복귀기업 선정 후 5년 이내 수입되는 자본재로 하고, 관세감면을 받은 기업이 폐업 등 계속하여 사업을 운영할 수 없는 경우 등 감면받은 관세의 추징관련 세부기준을 규정하며, 관세감면 신청절차 등 세부사항을 신설함. 커. 현금거래 후 현금영수증을 발급 받지 못한 경우 1개월 이내에 신청할 수 있도록 한 기한을 3년으로 연장함. < 간접국세 > 터. 부가가치세가 면제되는 정부업무 대행단체의 범위에 2013충주세계조정선수권대회조직위원회,2018 평창 동계올림픽대회 및 장애인동계올림픽대회 조직위원회, 포뮬러원국제자동차경주대회조직위원회를 추가함. 퍼. 대회가 종료된 2012여수세계박람회조직위원회, 2011대구세계육상선수권대회조직위원회, 2012세계자연보전총회조직위원회를 부가가치세가 면제되는 정부업무 대행단체의 범위에서 제외함. 허. 사립대학 민자사업(BTO 방식)에 대한 부가가치세 면제 대상 학교시설의 범위를 「대학설립?운영 규정」제4조에 따른 교사시설 중 교육기본시설, 지원시설 및 연구시설로 정함. 고. 경차 연료에 대한 교통 에너지 환경세 등의 환급 적용기한을 2년 연장함에 따라 연간 환급한도액산정기간을 2013년 1월 1일에서 2013년 12월 31일, 2014년 1월 1일에서 2014년 12월 31일까지로 규정함. 노. 주한 외교관용?외교공관용 자동차에 사용하는 석유류 구입을 위한 유류구매카드의 도입에 따라 국세청장이 유류구매카드 발급 신용카드업자를 지정하도록 하는 등 세부절차를 규정함. 도. 면세유 공급절차 등을 통합적으로 관리하는 전산시스템을 구축 운영하기 위하여 국세청이 면세유관련 자료 제출을 요청할 수 있는 기관 및 제출자료의 범위 등을 규정함. < 외국인투자 등에 대한 조세특례 > 로. 투자, 고용창출 및 첨단기술 도입수요가 큰 고부가가치 산업의 외국인투자 유치를 지원하기 위하여 개별형 외국인투자지역 감면대상 업종에 컴퓨터프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업, 자료처리?호스팅 및 관련서비스업을 추가함. 모. 외국인투자 활성화를 지원하기 위하여 외국인투자 조세감면 신청을 대한무역투자진흥공사의 장에게도 할 수 있도록 접수창구를 확대함. 보. 외국투자가가 소유주식을 감면기간 중에 내국인에게 양도시 소급하여 5년 동안 감면받은 세액에 주식양도비율을 곱한 금액을 추징하도록 하는 등 외국인투자기업에 대한 추징사유 발생시 추징세액계산 및 추징방법을 보완함. 소. 외국인투자기업 및 내국인주주가 외국투자가에게 대여한 금액이 있는 경우 감면비율 계산시 외국투자가의 투자금액에서 해당 대여금이 차지하는 비율만큼을 제외함. 오. 외국투자가의 배당에 대한 납부세액은 국내세율을 적용한 감면후 배당세액과 총배당액에 제한세율을 적용한 세액 중 적은 금액으로 함. < 기업도시 개발과 신발전지역 등 육성을 위한 조세특례 > 조. 2012여수세계박람회장 조성사업구역에 창업ㆍ신설한 기업도 기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면 제도를 적용받을 수 있도록 함. < 기타 조세특례 > 초. 현금영수증사업자의 현금영수증 결제건수에 따른 세액공제 기준금액을 하향조정(22→18원)함. < 보칙 > 코. 조세지출 성과 종합평가 대상이 되는 주요 조세특례는 분야별로 일괄하여 평가가 필요한 사항, 향후 지속적 감면액 증가가 예상되어 객관적 검증을 통해 지출 효율화가 필요한 사항 및 그 밖에 기획재정부장관이 심층적인 분석ㆍ평가가 필요하다고 인정하는 특례사항으로 함.