조세특례제한법 시행령 일부개정령(안)

개정이유 · 주요내용

개정이유 — 서비스산업 및 물류산업에 대한 세제지원을 확대하고, 성장동력 확충을 위하여 연구개발업에 대한 세제지원을 강화하며, 문화산업에 대해 중소기업 세제지원을 적용하고, 소규모 농어업 기업에 대한 감면을 확대하며, 소기업·소상공인에 대한 소득공제를 인상하고, 시간선택제 근로자의 취업기회를 확대하는 한편, 기업구조조정에 대한 지원을 확대하고, 근로장려세제와 자녀장려세제의 구체적인 기준을 설정하며, 조세특례제한법 에서 위임한 사항과 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하려는 것임.

1. 가

   중소기업특별세액감면 대상에 전시산업, 무형재산권 임대업, 연구개발지원업, 사회서비스업 중일부 업종이 추가됨에 따라 중소기업 대상 업종에 동 업종을 추가함.

2. 나

   여타 물류산업과의 형평성 제고를 위해 중소기업 지원 대상 물류산업의 범위에 「도선법」에 따른 도선업을 추가함.

3. 다

   농업과 어업을 지원하기 위하여 중소기업특별세액감면 적용시 작물재배업과 어업의 소기업 해당 여부 판단기준인 종업원 수를 현행 10명 미만에서 50명 미만으로 인상함.

4. 라

   문화산업 지원을 위하여 중소기업특별세액감면 대상 지식기반산업의 범위에 서적·잡지 및 기타 인쇄물출판업, 창작 및 예술관련 서비스업(자영예술가 제외)을 추가함.

5. 마

   상생협력 기금 지원대상에서 제외하는 출연법인의 특수관계인은 「법인세법 시행령」제87조 를 준용하고, 기금 사용목적에 기존 생산성향상시설장비의 개·보수 비용도 포함함. < 연구 및 인력개발에 대한 조세특례 >

6. 바

   연구개발서비스업 중 연구개발업의 자체연구개발비에 대해서도 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용함

7. 사

   연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 인력개발비를 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원에 대한 인력개발비로 한정함.

8. 아

   연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제 등 일부 투자세액공제에 중견기업 공제율 구간이 신설됨에 따라 3년 평균 매출액 3천억원 미만 등 구체적인 요건을 규정함.

9. 자

   기술혁신형 중소기업의 범위를 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」상 벤처기업으로 확인받은 기업 등으로 정하고, 동 법에서 정하고 있는 평가기관에서 평가한 금액 등을 기술가치금액으로 정함.

10. 차

    개인의 벤처기업투자에 대한 소득공제 대상에 벤처기업과 동일한 수준의 기술성평가 요건을 충족하는 창업 후 3년 이내 중소기업에 대한 투자를 포함함.

11. 카

    외국인근로자 단일세율 특례 적용이 제외되는 특수관계기업의 세부 범위를 정함. < 투자촉진을 위한 조세특례 >

12. 타

    고용창출투자세액공제 적용대상 업종에 전시산업, 무형재산권 임대업, 연구개발지원업, 사회서비스업 중 일부 업종과 항공운송업을 추가함.

13. 파

    고용창출투자세액공제 적용시 장애인근로자와 60세 이상 근로자에 대한 공제금액이 확대됨에 따라 장애인근로자와 60세 이상 근로자에 대한 세부 범위를 규정함.

14. 하

    고용창출투자세액공제의 고용증가 인원 계산시 상시근로자와 시간당 임금 등에서 차별이 없는 근로계약을 체결한 시간선택제 근로자 1명의 경우에는 현행 0.5명에서 0.75명으로 인상하여 계산함. < 고용지원을 위한 조세특례 > 거. 중소기업 취업시 소득세가 감면되는 장애인의 범위를 「장애인복지법」에 따른 장애인 및「국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률」에 따른 상이자로 함. 너. 근로시간 단축으로 일자리를 나누는 기업 및 근로자에 대한 시간당 임금계산 방법을 구체적으로 규정하고, 고용의 질이 하락하는 것을 방지하기 위하여 상시근로자 수 계산시 1개월간 근로시간이 60시간 미만인 근로자를 상시근로자 수에서 제외하도록 규정함. 더. 중소기업의 고용증가 인원에 대한 사회보험료 세액공제 제도의 고용증가 인원 계산시 상시근로자와 시간당 임금 등에서 차별이 없는 근로계약을 체결한 시간선택제 근로자 1명의 경우에는 현행 0.5명에서 0.75명으로 인상하여 계산함. < 기업구조조정을 위한 조세특례 > 러. 전략적 제휴를 위한 주식교환에 대한 과세특례 신설에 따라 전략적 제휴의 의미, 요건 등 주식교환으로 과세이연을 받기 위해 필요한 세부규정을 신설함. 머. 기업매각 후 재투자에 대한 과세특례 신설에 따라 경영권 이전의 요건, 재투자 비율 및 기한 등 재투자를 통한 과세이연을 받기 위해 필요한 세부규정을 신설함. < 금융기관구조조정을 위한 조세특례 > 버. 합병에 따른 중복자산 양도차익 과세이연 대상에 제약업 외 의료기기업, 조선업, 해운업, 건설업을 경영하는 동종 업종간 합병을 추가함. < 지역 간의 균형발전을 위한 조세특례 > 서. 영농조합법인 농업회사법인에 농업인이 농지 초지를 현물출자하는 경우 양도소득세 면제 적용 대상을 해당 농지 초지 소재지 등에서 4년 이상 거주하면서 직접 경작한 농업인으로 한정함. 어. 과세로 전환하는 고소득 작물재배업의 기준을 조합원당 연간 수입금액 6억원을 초과하는 영농조합법인의 작물재배업 소득(식량작물재배업소득은 제외)과 연간 수입금액 30억원을 초과하는 농업회사법인의 작물재배업 소득(식량작물재배업소득은 제외)으로 정함. 저. 농어업법인 과세특례제도의 운용을 개선하기 위하여 법인세 면제 등을 신청하는 농어업법인은 세액면제신청서 등과 함께 농어업경영체 등록확인서를 관할세무서장에게 제출하도록 정함. 처. 자경농지 및 축사용지 양도소득세 감면 적용시 총급여와 농업, 축산업, 임업 및 부동산임대소득을 제외한 사업소득 합계가 3,700만원 이상인 과세기간은 농지를 경작한 기간 및 직접 축산에 사용한 기간에서 제외함. 커. 농지대토에 대한 양도소득세 감면 요건 중에서 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작하여야 하는 기간을 3년에서 4년으로 연장하고, 총급여와 농업, 축산업, 임업 및 부동산임대소득을 제외한 사업소득 합계가 3,700만원 이상인 과세기간은 농지를 경작한 기간에서 제외하는 등 세부 감면요건을 조정함. < 저축지원을 위한 조세특례 > 터. 소기업·소상공인 공제부금에 대한 소득공제의 분기별 불입금액 한도를 210만원에서 300만원으로 인상함. 퍼. 녹색저축 과세특례가 폐지됨에 따라 관련 시행령 규정을 삭제함. 허. 분리과세되는 고위험고수익투자신탁 과세특례의 신설에 따라 투자대상, 투자요건 등 동 제도도입에 필요한 세부사항을 신설함. 고. 소득공제가 되는 장기집합투자증권저축의 신설에 따라 소득확인 방법 및 운영형태 등 동 제도 도입에 필요한 세부사항을 신설함. < 국민생활의 안정을 위한 조세특례 > 노. 소형주택 임대사업자에 대한 세액감면 요건으로 세법상 사업자 등록과 「임대주택법」상 임대사업자 등록을 할 것을 규정하고 주택요건으로 국민주택규모의 주택으로서 기준시가 3억원 이하 일 것을 규정하고 기타 임대주택의 호수 및 기간에 대한 구체적인 기준을 정함. < 근로장려를 위한 조세특례 > 도. 근로장려금은 가구별로 신청하는 점을 감안하여 근로장려금의 신청대상에서 제외되는 전문직 사업자의 범위가 가구단위로 적용됨을 명확히 함. 로. 인적 용역을 제공하는 사업자는 연중 부정기적으로 용역을 제공하는 점을 감안하여 근로장려금의 연간 총소득 환산대상에서 제외함. 모. 근로장려금의 재산합계액에 포함되는 회원권에 골프·승마·콘도미니엄·체육시설ㆍ요트회원권을 추가함. 보. 근로장려금 산정기준인 총급여액등에서 제외되는 “사업자등록을 하지 아니한 자의 사업소득”에 대해 연도말까지 사업자등록하지 않는 경우로 한정하는 등 사업자등록 여부 판정기준을 정함. 소. 사실확인등으로 기한내 근로장려금 결정이 어려운 점을 감안하여 근로장려금 결정기한 연장사유에 기한 후 신청을 받은 경우를 추가함. 오. 근로장려금 신청자의 신청자격 확인 등을 위해 국세청장이 자료를 요청할 수 있는 기관과 자료의 범위에 한국전력공사의 전기요금 부과내역 등을 추가함. < 자녀장려를 위한 조세특례 > 조. 자녀장려금의 신청대상 및 신청서류 등을 규정하고, 자녀장려금산정표를 신설하며, 자녀장려금 결정ㆍ환급 등에 관해 근로장려금의 해당 규정을 준용하도록 하는 등 자녀장려세제의 시행을 위해 필요한 사항을 정함. < 그 밖의 직접국세 특례 > 초. 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례 대상 해운소득 범위에 외항해상운송활동과 관련하여 발생한 화폐성 외화자산·부채 평가손익을 포함함. 코. 시공자등이 조합등과 합의 없이도 채권금액·증빙자료 등을 내용으로 하는 채권포기 확인서를 세무서장에게 제출하는 경우에도 채권의 손금산입 특례를 적용함. < 간접국세 > 토. 부가가치세가 면제되는 정부업무대행단체의 범위에 2014인천장애인아시아경기대회조직위원회, 2015세계물포럼조직위원회 및 2015경북문경세계군인체육대회조직위원회와 전자수입인지의 판매·관리를 정부로부터 위탁받은 기관을 추가함. 포. 부가가치세가 면제되는 희귀병치료제의 범위에서 뮤코다당증Ⅱ형 치료제를 제외하고, 발작성 야간 헤모글로빈뇨증 치료제를 추가함. 호. 외국인 관광객이 문화체육관광부 장관이 지정·고시하는 전년 동기별 외국인관광객 숙박요금을 인상하지 않는 관광호텔에 2014년 4월 1일부터 2015년 3월 31일까지 숙박한 경우 숙박용역환급창구사업자로부터 숙박요금에 따른 부가가치세액을 환급받을 수 있고, 관광호텔은 납부할 부가가치세액에서 공제받을 수 있음. 다만, 관광호텔이 객실 종류별 숙박요금 평균을 전년 동기 대비 보다 인상하거나, 숙박요금을 허위·과다하게 부담한 것으로 하여 외국인관광객이 환급받도록 한 경우 등은 공제받을 수 없음. 구. 직전 거래 단계에서 매입세액을 공제받은 중고자동차를 매입하는 중고자동차 수집사업자에 대해서는 재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제특례를 적용하지 않도록 함. < 외국인투자 등에 대한 조세특례 > 누. 내국인의 우회투자를 통한 조세감면 방지를 위해 조세조약 등이 체결(가서명 포함)되지 않은 레바논, 키프러스 등 9개 국가는 감면대상에서 배제함. 두. 현재 감면종료사업과 증자사업의 과세표준을 구분하지 않은 경우에도 감면세액 및 한도 계산이 가능하나 감면사업에 대한 구분경리 일반원칙에 맞게 증자분 사업의 감면세액 및 한도를 계산함. 루. 감면종료사업 자산을 증자분 사업(고도기술수반사업 등)에 재사용(50% 이상)시 증자분 사업의 전체자산 중 신규 취득한 자산비중만큼 감면하고 있으나, 신규 설비 투자유도를 위해 감면제한 대상에 단지형 또는 개별형 외투단지 입주기업의 사업도 포함하고 재사용 요건을 30% 이상으로 강화함. 무. 고도기술수반사업의 부당한 조세감면 방지를 위해 과세표준 신고시 고도기술 관련 투자내역을 보고함. < 기타 조세특례 > 부. 금 현물시장에서 거래되는 금지금에 대한 과세특례가 신설됨에 따라 감면 규정이 배제되는 특수관계의 범위와 금거래 시장 이용금액 계산방법 등 금 현물시장에서의 금지금거래와 관련된 세부절차를 규정함. 수. 각종 투자세액공제 금액 계산시 세액공제가 배제되는 국가 등의 지원금 계산방법을 규정함.