조세특례제한법

정부는 지난 2009년 지방공기업 선진화 방안 확정에 따라 지방공기업의 청산, 통폐합을 권고한바 있으며, 행정자치부의 경영개선 명령 불이행시 지방공사와 공단에 대해 특별감사와 공사채 발행 승인을 불허하는 한편, 지방자치단체에 대해서는 교부세 삭감 등의 조치를 취하기로 하는 등 지방자치단체의 공사와 공단에 대해 경영개선 명분으로 강제 통폐합 한 바 있음.

그러나 지방공사와 공단의 통폐합 과정상 발생하는 부가가치세에 대해 「조세특례제한법」상 도매시장관리사업 및 그 부대사업에 한정하여 부가가치세가 면제되고 기존 지방자치단체의 사업을 대행하는 지방공단의 재화와 용역에 대해서는 부가가치세가 면제되지 않아 지방자치단체의 재정적 어려움이 발생하고 있음.

이에 행정자치부장관의 경영개선 명령에 따라 지방자치단체의 업무를 대행하여 재화 또는 용역에 대해 지방공단과 지방공사가 합병되어 지방공단 업무가 지방공사로 이전된 사업에 대해서는 부가가치세를 면제하고, 통합과정에서 발생한 부가가치세에 대해서는 소급적용을 하도록 하여 과세형평에 부합하도록 하려는 것임(안제106조제1항제6호의2 신설).