국세와 지방세의 조정 등에 관한 법률

2013년 「지방세법」 개편 시 지방자치단체가 지방소득세 공제감면을 독자적으로 결정할 수 있도록 하고 지방소득세의 과세표준은 국세인 「소득세법」「법인세법」상의 규정에 따라 지방자치단체가 지방소득세의 과세표준을 결정ㆍ경정할 수 있도록 하였음.

각 지방자치단체가 국세청에서 결정된 소득세ㆍ법인세 과세표준과 달리 별도의 과세표준으로 결정ㆍ경정하게 될 경우 하나의 소득에 대해 소득세ㆍ법인세와 지방소득세 간 과세표준이 달라질 수 있는 문제점이 발생함.

또한 국세인 소득세ㆍ법인세에 대한 국세청의 세무조사 부담에 더하여 지방자치단체로부터 세무조사를 받거나 전국에 여러 개의 사업장을 가진 법인의 경우 여러 지방자치단체로부터 중복하여 세무조사를 받을 수 있어 납세자의 과도한 세무조사 부담 등 납세협력부담이 급증하는 문제가 발생함.

따라서 국세청이 결정경정 및 세무조사 등을 통해 전국 공통사항인 소득세법인세의 과세표준을 확정하면 지방자치단체는 이를 지방소득세의 과세표준으로 그대로 사용하도록 하고, 지방자치단체가 지방소득세의 과세표준에 대한 세무조사를 하지 않도록 하려는 것임(안 제6조 및 제7조 신설).