법인세법

과학기술인공제회는 과학기술인에 대한 효율적인 공제제도를 확립함으로써 과학기술인의 생활안정과 복지증진을 도모함과 아울러 과학기술 활동을 활성화하고 과학기술분야의 국가경쟁력 제고에 이바지하기 위하여 설립되었고, 위와 같은 목적을 달성하기 위해 회원에 대한 퇴직급여의 지급, 공제급여의 지급, 과학기술발전장려금의 지급 사업 등을 수행하고 있음.

과학기술공제회는 회원이 퇴직하여 공제회로부터 퇴직연금급여를 받게 되는 경우 퇴직연금급여 외에 별도로 정부나 ‘그 밖의 자’의 출연금의 운영수익을 재원으로 과학기술발전장려금을 지급할 수 있도록 규정되어 있는데, 민간기업의 출연금은 출연한 기업의 사용인 등이 퇴직 후에 받을 장려금의 재원으로 운영되도록 함으로써 사용인의 근로의욕을 고취시켜 결과적으로 출연기업의 수익창출에 기여할 수 있는 것이므로 당해 법인의 사업과 관련됨.

따라서 민간기업의 출연을 활성화시켜 과학기술인의 안정적 연구활동을 지원할 수 있도록 민간기업의 출연금에 대해 법인세법상 손금으로 인정받도록 하고자 하는 것임(안 제24조제2항).

또한 공제회가 운영하는 과학기술발전장려금재원에 대한 법인세법의 규정에 의하면 이자 및 배당소득 등에 대해서는 그 전액을 손금산입하고 기타의 수익사업에서 발생한 소득에 대해서는 100분 50을 규정하고 있는데, 위와 같은 현행 법인세법 규정에 의한다면, 공제회에서는 국가 및 민간기업으로부터 받은 출연금을 운영함에 있어 법인세 부담을 줄이기 위해 그 소득금액의 100%를 당해 사업연도의 손금에 산입할 수 있는 ‘이자 및 배당소득이 발생하는 사업부분’에만 투자대상을 한정할 가능성이 있음.

이는 곧 출연금의 운영폭을 제한하는 것이 되어 결과적으로 과학기술발전장려금의 재원확보 및 운영에 지장을 초래할 가능성이 있음. 이에, 공제회가 당해 출연금을 운영함에 있어서 발생한 소득금액에 대해서는 당해 소득의 원천에 불구하고 전액 고유목적사업준비금의 설정이 가능하도록 하고자 함(안 제29조제1항).