의 안 번 호	제 호		의결사항
의 결 연 월 일	20 . . . (제 회)

국가연구개발혁신법 시행령 일부개정령안

제 출 자	국무위원 배경훈 (과학기술정보통신부장관)
제출 연월일	2025 . 10 . .

법제처 심사 전

1. 의결주문

국가연구개발혁신법 시행령 일부개정령안을 별지와 같이 의결한다.

2. 제안이유

관행적인 연구비 지급 지연을 해소하기 위해 협약시 연구개발비 지급시기 등을 정하도록 하고 정해진 시기에 지급이 불가한 경우에 중앙행정기관과 연구개발기관이 협의하여 연구개발비 지급시기를 조정 할 수 있는 근거를 마련하는 한편,

과제규모와 무관하게 이루어지는 정산체계로 인한 연구자의 과도한 행정부담을 완화하고자 소액과제는 일부만 추출하여 정산할 수 있도록 연구비 정산 예외대상을 추가하고, 국회 결산 시정 요구사항에 따라 연구비 발생이자의 국고반납 원칙을 세우고 정산 기한을 마련하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하려는 것임

3. 주요내용

가. 협약 시 연구개발비 지급시기, 방법 등을 정하도록 하고(안 제13조) 해당 일정을 준수하여 연구개발비를 지급하도록 하는 근거 마련(안 제19조)

1) 계속되는 연구개발비 지급 지연으로 연초 연구수행에 차질이 발생한다는 현장의 의견을 수렴하여 중앙행정기관의 장이 협약에 따라 연구개발비를 지급하도록 하는 명확한 근거를 마련할 필요가 있음

2) 국가연구개발혁신법 제13조제2항에 따라 중앙행정기관의 장이 정한 연구개발비 지급 시기, 방법 등을 협약을 통해 약속하고, 지급시기에 대한 불가피한 조정이 필요한 경우 중앙행정기관의 장이 연구개발기관과 협의하여 조정할 수 있도록 하여 관행적인 연구개발비 지급지연을 해소하도록 함

나. 정부지원연구개발비 이자의 국고반납 원칙(안 제20조)

1) 기존에 R&D 사업비로부터 발생한 이자에 대한 집행 또는 국고반납 여부는 20여년간 연구수행기관의 자율에 맡기고 사후에 이를 점검하는 절차 규정이 부재하여 출연금의 투명한 관리가 이루어지지 못했다는 내용이 2023년 회계연도 국회 결산 지적사항으로 제기됨

(단위: 백만원)
총 발생이자	｢국가연구개발혁신법 시행령｣ 제20조제3항
	제1호	제2호	제3호	제4호	제5호
	해당 연구개발 과제의 연구 개발비에 산입	연구개발에 재투자	연구개발성과의 창출지원, 보호, 활용역량의 강화	국고반납	그 밖에 중앙행정기관 장의 승인을 받은 용도
52,849	24,464	5,336	55	22,392	603

<2023년 연구수행기관 연구비계좌에서 발생한 이자의 처리현황>

2) 연구비 계좌에서 발생한 이자수입은 국고 반납을 원칙으로 하되, 예외적으로 연구개발에 재투자할 수 있도록 허용하고 당해 집행 내역은 중앙행정기관의 장에 보고하여 후속 점검을 받도록 함

다. 연구개발비 사용실적보고서 정산기한 마련(안 제26조제2항)

1) R&D 종료과제의 정산완료 기한에 대한 법령이 부재함에 따라 2020년∼2023년 R&D 종료과제 중 법정기한 내에 연구비 정산이 완료되지 않은 과제가 1,806개이고 정산완료 과제 중에서도 정산금을 국고로 반납하지 않은 금액이 42억 3,100만원에 해당(’24.5월 기준)한다는 문제점이 2023년 회계연도 국회 결산 시정요구사항으로 지적됨

2) 중앙행정기관의 장은 사용실적보고서를 제출받은 날부터 1년 이내에 정산을 완료하도록 하여 과도한 정산 지연을 방지하도록 함

라. 소액과제 대상 샘플링 정산 도입(안 제26조제3항)

현행 국가연구개발사업 정산 체계는 과제 금액과 무관하게 이루어져 연구자들이 과도한 행정부담을 호소함에 따라(1억 미만 과제 정산 시 약 99만원 비용 소요, 한국산업기술기획평가원 기준) 소액과제는 일부만 추출하여 정산할 수 있도록 정산 대상 예외기준을 추가함

마. 기관부담연구비 납부시기 유연화(안 [별표 1])

과제 상황의 다양성을 고려하지 않고 일률적으로 납부 시기를 정함에 따라 발생하는 문제를 해소하기 위해 중앙행정기관의 장과 연구개발기관의 장이 협의하여 연구과제 상황에 따라 납부시기를 조정할 수 있도록 함

바. 기술창업·출자금 대상에 신기술창업전문회사 추가(안 [별표 2])

연구성과 기반 창업을 원활히 지원하기 위해 기술창업 출연·출자대상에 기존 산학연협력기술지주회사, 공공연구기관첨단기술지주회사 뿐만 아니라 동일한 성격의 신기술창업전문회사까지 포함하여 지원대상을 확대하고자 함

4. 주요토의과제

없    음

5. 참고사항

가. 관계법령 : 생    략

나. 예산조치 : 별도조치 필요 없음

다. 합    의 : OOOO부 등과 합의되었음

라. 기    타 : 1) 신ㆍ구조문대비표, 별첨

2) 입법예고(9999. 12. 31. ∼ 12. 31.) 결과, 특기할 사항 없음

3) 행정규제 : 규제개혁위원회와 협의 결과, 이견 없음

- 규제 신설ㆍ폐지 등, 없음

대통령령  제        호

국가연구개발혁신법 시행령 일부개정령안

국가연구개발혁신법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.

제13조제1항에 제6호를 다음과 같이 신설한다.

6. 법 제13조제2항에 따라 중앙행정기관의 장이 정한 연구개발비의  연구개발비의 지급 시기·방법에 관한 사항

제19조제1항부터 제5항까지를 각각 제2항부터 제6항까지로 하고, 같은 조에 제1항을 다음과 같이 신설하며, 같은 조 제3항(종전의 제2항) 각 호 외의 부분 중 “제1항에도 불구하고 제1항”을 “제2항에도 불구하고 제2항”으로 하고, 같은 조 제5항(종전의 제4항) 각 호 외의 부분 중 “제1항”을 “제2항”으로 하며, 같은 조 제6항(종전의 제5항) 각 호 외의 부분 중 “제1항 및 제4항”을 “제2항 및 제5항”으로 하고, 같은 항 제1호 중 “제1항”을 “제2항”으로 하며, 같은 항 제2호 중 “제4항에 따라”를 “제5항에 따라”로 한다.

① 중앙행정기관의 장은 제13조제1항제6호에 따라 협약에서 정한 연구개발비 지급 시기에 맞추어 연구개발비를 지급하여야 한다. 다만, 정부의 재정여건 등을 고려하여 일정의 변경이 불가피한 경우 연구개발기관과 협의하여 조정하여야 한다.

제20조제3항 각 호 외의 부분을 다음과 같이 한다.

정부지원연구개발비의 이자는 국고에 납입하여야 한다. 다만, 중앙행정기관의 장의 승인을 받은 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용도로 사용할 수 있다.

제20조제3항제4호를 삭제하고, 같은 항 제5호를 제4호로 하며, 같은 조 제4항을 제5항으로 하고, 같은 조에 제4항을 다음과 같이 신설한다.

④ 제3항 각 호에 따른 용도로 정부지원연구개발비의 이자를 사용한 경우에는 해당 집행내역을 제26조제1항에 따라 중앙행정기관의 장에게 보고하여야 한다.

제26조제2항 중 “실시해야 한다”를 “실시해야 하며, 사용실적보고서를 제출받은 날부터 1년 이내에 정산을 완료하여야 한다”로 하고, 같은 항에 단서를 다음과 같이 신설한다.

다만, 중앙행정기관의 장이 불가피한 사유가 있다고 인정하는 경우에는 정산완료 시기를 연장할 수 있다.

제26조제3항제3호를 제4호로 하고, 같은 항에 제3호를 다음과 같이 신설한다.

3. 연구개발비 규모와 정산 필요성 등을 고려하여 과학기술정보통신부장관이 정하여 고시하는 방법에 따라 중앙행정기관의 장이 선별하지 않은 연구개발과제

별표 1 제2호 본문을 다음과 같이 한다.

2. 기관부담연구개발비의 현금부담기준

기관부담연구개발비 중 현금부담 금액은 다음 표에 따른 비율에 따라 산정된 금액으로 한다. 이 경우 중앙행정기관의 장은 해당 금액의 부담시기를 연구개발기관의 장과 협의하여 연구개발과제협약으로 정할 수 있다. 다만, 협약에서 정하지 아니한 경우 연구개발기관의 장은 연도별 연구개발기간이 종료되기 3개월 전까지 부담을 완료해야 한다.

별표 2 비고 제3호를 다음과 같이 한다.

3. “기술지주회사”란 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 산학연협력기술지주회사, 「벤처기업육성에 관한 특별법」제11조의2제4항제2호의 업무를 영위하는 신기술창업전문회사 또는 「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」 제2조제10호에 따른 공공연구기관첨단기술지주회사를 말한다.

부      칙

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

신ㆍ구조문대비표

현 행	개 정 안
제13조(연구개발과제협약의 체결) ① 법 제11조제1항제4호에서 “대통령령으로 정하는 사항”이란 다음 각 호의 사항을 말한다.	제13조(연구개발과제협약의 체결) ① ---------------------------------------------------------------------.
1. ∼ 5. (생 략)	1. ∼ 5. (현행과 같음)
<신 설>	6. 법 제13조제2항에 따라 중앙행정기관의 장이 정한 연구개발비의 지급 시기·방법에 관한 사항
②ㆍ③ (생 략)	②ㆍ③ (현행과 같음)
제19조(연구개발비의 지원과 부담) <신 설>	제19조(연구개발비의 지원과 부담) ① 중앙행정기관의 장은 제13조제1항제6호에 따라 협약에서 정한 연구개발비 지급 시기에 맞추어 연구개발비를 지급하여야 한다. 다만, 정부의 재정여건 등을 고려하여 일정의 변경이 불가피한 경우 연구개발기관과 협의하여 조정하여야 한다.
① (생 략)	② (현행 제1항과 같음)
② 중앙행정기관의 장은 제1항에도 불구하고 제1항 각 호의 연구개발기관이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기관부담연구개발비를 부담하지 않게 할 수 있다.	③ ---------------- 제2항에도 불구하고 제2항 ----------------------------------------------------------------------------------------------.
1. ∼ 3. (생 략)	1. ∼ 3. (현행과 같음)
③ (생 략)	④ (현행 제3항과 같음)
④ 중앙행정기관의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구개발과제를 수행하는 연구개발기관(제1항 각 호의 연구개발기관은 제외한다)으로 하여금 연구개발과제협약에 따라 기관부담연구개발비를 부담하게 할 수 있다.	⑤ -----------------------------------------------------------------------------제2항 -----------------------------------------------------------------------------------------.
1. ∼ 3. (생 략)	1. ∼ 3. (현행과 같음)
⑤ 중앙행정기관의 장은 연구개발기관이 제1항 및 제4항에 따라 부담해야 하는 기관부담연구개발비를 다음 각 호의 구분에 따른 기간까지 부담하지 않을 때에는 해당 연구개발기관에 대하여 정부지원연구개발비의 지급을 중지할 수 있다.	⑥ ---------------------------- 제2항 및 제5항---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------.
1. 제1항에 따라 부담하는 기관부담연구개발비: 별표 1 제2호에 따른 기간	1. 제2항---------------------------------------------------
2. 제4항에 따라 부담하는 기관부담연구개발비: 제4항에 따른 연구개발과제협약에서 정한 기간	2. 제5항에 따라 --------------------------------------------------------------
제20조(연구개발비의 사용용도 등) ① (생 략)	제20조(연구개발비의 사용용도 등) ① (현행과 같음)
② 삭 제
③ 정부지원연구개발비의 이자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용도로 사용해야 한다. 다만, 연구개발기간이 종료된 이후에 발생한 이자는 제4호 또는 제5호에 따른 용도로 사용해야 한다.	③ 정부지원연구개발비의 이자는 국고에 납입하여야 한다. 다만, 중앙행정기관의 장의 승인을 받은 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용도로 사용할 수 있다.
1. ∼ 3. (생 략)	1. ∼ 3. (현행과 같음)
4. 국고에 납입	<삭 제>
5. (생 략)	4. (현행 제5호와 같음)
<신 설>	④ 제3항 단서 각 호에 따른 용도로 정부지원연구개발비의 이자를 사용한 경우에는 해당 집행내역을 제26조제1항에 따라 중앙행정기관의 장에게 보고하여야 한다.
④ (생 략)	⑤ (현행 제4항과 같음)
제26조(연구개발비의 정산 등) ① (생 략)	제26조(연구개발비의 정산 등) ① (현행과 같음)
② 제1항에 따른 연구개발비 사용실적보고서를 제출받은 중앙행정기관의 장은 해당 보고서에 적힌 사용용도와 사용실적이 제20조제1항에 따른 연구개발비 사용용도(이하 “사용용도”라 한다)와 법 제13조제4항에 따른 연구개발비 사용 기준(이하 “사용기준”이라 한다)에 적합한지 여부를 검토하는 방법으로 법 제13조제7항에 따른 연구개발비의 정산을 실시해야 한다. <단서 신설>	② -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 실시해야 하며, 사용실적보고서를 제출받은 날부터 1년 이내에 정산을 완료하여야 한다. 다만, 중앙행정기관의 장이 불가피한 사유가 있다고 인정하는 경우에는 정산완료 시기를 연장할 수 있다.
③ 제2항에도 불구하고 중앙행정기관의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구개발과제의 경우 그 연구개발비 사용실적보고서의 제출 여부를 확인하는 방법으로 법 제13조제7항에 따른 연구개발비의 정산을 실시할 수 있다.	③ ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------.
1.ㆍ2. (생 략)	1.ㆍ2. (현행과 같음)
<신 설>	3. 연구개발비 규모와 정산 필요성 등을 고려하여 과학기술정보통신부장관이 정하여 고시하는 방법에 따라 중앙행정기관의 장이 선별하지 않은 연구개발과제
3. (생 략)	4. (현행 제3호와 같음)
④ ∼ ⑥ (생 략)	④ ∼ ⑥ (현행과 같음)

현행 [별표 1]

정부지원연구개발비의 지원기준 및 기관부담연구개발비의 현금부담기준(제19조제3항 관련)

2. 기관부담연구개발비의 현금부담기준

기관부담연구개발비 중 현금부담 금액은 다음 표에 따른 비율에 따라 산정된 금액으로 한다. 이 경우 해당 금액은 연도별 연구개발기간이 종료되기 3개월 전까지 부담을 완료해야 한다.

구분	현금부담 비율
가. 제19조제1항제1호에 해당하는 연구개발기관 나. 제19조제1항제2호에 해당하는 연구개발기관 중 평균매출액등이 3천억원 미만인 연구개발기관	기관부담연구개발비의 100분의 10 이상
다. 제19조제1항제2호에 해당하는 연구개발기관 중 평균매출액등이 3천억원 이상인 연구개발기관	기관부담연구개발비의 100분의 13 이상
라. 제19조제1항제3호 또는 제4호에 해당하는 연구개발기관	기관부담연구개발비의 100분의 15 이상

개정안 [별표 1]

정부지원연구개발비의 지원기준 및 기관부담연구개발비의 현금부담기준(제19조제3항 관련)

2. 기관부담연구개발비의 현금부담기준

기관부담연구개발비 중 현금부담 금액은 다음 표에 따른 비율에 따라 산정된 금액으로 한다. 이 경우 중앙행정기관의 장은 해당 금액의 부담 시기를 연구개발기관의 장과 협의하여 연구개발과제협약으로 정할 수 있다. 다만, 협약에서 정하지 아니한 경우 연구개발기관의 장은 연도별 연구개발기간이 종료되기 3개월 전까지 부담을 완료해야 한다.

구분	현금부담 비율
가. 제19조제1항제1호에 해당하는 연구개발기관 나. 제19조제1항제2호에 해당하는 연구개발기관 중 평균매출액등이 3천억원 미만인 연구개발기관	기관부담연구개발비의 100분의 10 이상
다. 제19조제1항제2호에 해당하는 연구개발기관 중 평균매출액등이 3천억원 이상인 연구개발기관	기관부담연구개발비의 100분의 13 이상
라. 제19조제1항제3호 또는 제4호에 해당하는 연구개발기관	기관부담연구개발비의 100분의 15 이상

현행 [별표 2]

■ 국가연구개발혁신법 시행령 [별표 2] <개정 2024. 12. 31.>

연구개발비 사용용도(제20조제1항 관련)

비고

1. “학생연구자”란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

가. 「고등교육법」 등 관련 법률에 따라 운영하는 전문학사학위과정ㆍ학사학위과정ㆍ석사학위과정ㆍ학석사통합과정ㆍ박사학위과정ㆍ석박사통합과정 중에 있는 학생 신분의 연구자

나. 가목의 학생연구자가 현행 학위과정을 졸업하여 상위 학위과정 진학이 확정된 경우 상위 학위과정의 첫 학기 시작 전까지 현행 학위과정 중 수행한 연구개발과제를 계속해서 수행하는 자

다. 가목 및 나목에도 불구하고 「학술진흥법」 제5조제1항에 따라 학술지원사업으로 추진하는 인문사회 분야 연구개발과제를 수행하는 연구자로서 과학기술정보통신부장관이 따로 정하는 사람

2. “연구개발서비스“란 「연구산업진흥법」 제2조제1호가목 또는 나목의 연구산업을 영위하는 연구사업자가 제공하는 연구개발서비스를 말한다.

2의2. “클라우드컴퓨팅서비스”란 「클라우드컴퓨팅 발전 및 이용자 보호에 관한 법률」에 따른 클라우드컴퓨팅서비스를 말한다.

2의3. “박사후연구자”란 박사학위를 소지한 사람으로서 국내외 대학이나 연구기관에 소속되어 연수 중인 사람(대학에 소속된 「고등교육법」 제14조제2항에 따른 교원은 제외한다)을 말한다.

3. “기술지주회사”란 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 산학연협력기술지주회사 또는 「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」 제2조제10호에 따른 공공연구기관첨단기술지주회사를 말한다.

4. “학교기업”이란 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제36조제1항에 따른 학교기업을 말한다.

5. “실험실공장”이란 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제2조제5항에 따른 실험실공장을 말한다.

6. “연구소기업”이란 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제2조제6호에 따른 연구소기업을 말한다.

개정안 [별표 2]

■ 국가연구개발혁신법 시행령 [별표 2] <개정 2024. 12. 31.>

연구개발비 사용용도(제20조제1항 관련)

비고

1. “학생연구자”란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

가. 「고등교육법」 등 관련 법률에 따라 운영하는 전문학사학위과정ㆍ학사학위과정ㆍ석사학위과정ㆍ학석사통합과정ㆍ박사학위과정ㆍ석박사통합과정 중에 있는 학생 신분의 연구자

나. 가목의 학생연구자가 현행 학위과정을 졸업하여 상위 학위과정 진학이 확정된 경우 상위 학위과정의 첫 학기 시작 전까지 현행 학위과정 중 수행한 연구개발과제를 계속해서 수행하는 자

다. 가목 및 나목에도 불구하고 「학술진흥법」 제5조제1항에 따라 학술지원사업으로 추진하는 인문사회 분야 연구개발과제를 수행하는 연구자로서 과학기술정보통신부장관이 따로 정하는 사람

2. “연구개발서비스“란 「연구산업진흥법」 제2조제1호가목 또는 나목의 연구산업을 영위하는 연구사업자가 제공하는 연구개발서비스를 말한다.

2의2. “클라우드컴퓨팅서비스”란 「클라우드컴퓨팅 발전 및 이용자 보호에 관한 법률」에 따른 클라우드컴퓨팅서비스를 말한다.

2의3. “박사후연구자”란 박사학위를 소지한 사람으로서 국내외 대학이나 연구기관에 소속되어 연수 중인 사람(대학에 소속된 「고등교육법」 제14조제2항에 따른 교원은 제외한다)을 말한다.

3. “기술지주회사”란 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 산학연협력기술지주회사, 「벤처기업육성에 관한 특별법」제11조의2제4항제2호의 업무를 영위하는 신기술창업전문회사 또는 「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」 제2조제10호에 따른 공공연구기관첨단기술지주회사를 말한다.

4. “학교기업”이란 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제36조제1항에 따른 학교기업을 말한다.

5. “실험실공장”이란 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제2조제5항에 따른 실험실공장을 말한다.

6. “연구소기업”이란 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제2조제6호에 따른 연구소기업을 말한다.

〈 의안 소관 부서명 〉
과학기술정보통신부 연구제도혁신과
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